在一条清澈的河里，居住着许多水生动物，他们自由自在地在水里生活着，其中要数鱼家族的成员最多。他们大大小小，老老少少，在一起互相追逐嬉戏。白天，有的躺在石头上休息，有的则在自由自在地游弋;到了夜晚，小鱼们就围在见多识广的鱼爷爷身旁，听他讲水面上的故事:星星、月亮和人类。其中有一条小鲤鱼听得最认真，还提出一些稀奇占怪的问题。鱼爷爷总是说;“小伙子，慢慢你就会知道的。”说完呵呵地笑了，胡子一颤一颤的。
白天，小卿鱼总喜欢在水面聆听岸上人的脚步声，还调皮地吐几个小水泡。有时直蹿上去，咬住将要垂到水面来的草尖儿。
但是后来，岸边的树死了，草枯了，人也不常来了，小鲫鱼渐渐感到呼吸困难。终于有一天，那位给小卿鱼讲故事的鱼爷爷病倒了，而且病得不轻。小鲫鱼匆匆赶到那儿，奄奄一息的鱼爷爷挣扎着说:“小卿鱼，我……我这一生经历了无数次险境，这一次怕是躲不过了。根据我的经验，这儿将要发生一场大瘟疫，你们赶快离开这儿，到上游去谋求生路吧!”小卿鱼忍着悲痛，和同伴儿们一起向上游游去。
途中，有的同伴儿死了，越往上游，死的越多。有的同伴儿泄气了，又往回游。只有小卿鱼和几个小伙伴儿坚定不移地朝下游游去。
这一天，小卿鱼们来到一个繁华的小镇旁，可是这里的水更加浑浊，污水源源不断地从水沟中流出来。当他们经过黑流时，一阵剧烈的头晕向他们袭来，小螂鱼打了几个滚，挣扎着冲出了黑漩涡，换了一门气，继续向上游。渐渐地，各种水生动物多了起来，他们又感受到了从前的环境，从前的气息，他们就在这儿定居下来。不久，他们悟出了一个道理，是那些工厂的污水害死了他们的同伴儿，还有那位可敬的鱼爷爷。他们现在生活还算平静，可是将来呢?这儿会不会再成为一个“瘟疫区”呢?小鲫鱼在水里吐出了一串长长的问号……