故事一开始发生在希腊边境的地下黑拳市场，为了赚点钱，伯恩在地下黑拳市场中比赛，这样做还有利于他保持格斗的敏捷度，镜头给了伯恩背部枪伤的特写，伯恩老了，不再像年轻时那样不知疲倦了。
尼基是伯恩的老同事，专攻黑客，她黑进CIA服务器拷走了所有CIA黑暗任务资料，有绊脚石计划，铁腕计划等等。尼基在绊脚石计划中发现伯恩的身世秘密，绊脚石计划是杀手培育工程，发起人是韦伯，伯恩的老爸，尼基盗走文件触动了警报，CIA网络安全部主管海伦组织属下进行干预，锁定了尼基使用的电脑，尼基知道被锁定于是切断电力，带着拷贝优盘离开，这时中情局领导杜威知道了这次泄漏的事件，这件事比斯诺登泄露威力更大，影响到更多的人，在硅谷做事的一个总裁曾经和中情局有过合作，这次事件一旦暴露事关所有人安危。杜威找到总裁希望继续合作被拒绝，总裁不想被胁迫做一些不愿意的事情，于是杜威想干掉他。海伦锁定了尼基的位置，查到了她的身份，她主动请缨要求解决这次事件，老谋深算的杜威同意了她的要求，但是一切需要尽在他的掌握之中。
尼基在黑拳市场找到伯恩，告诉他实情，然后当地发生了暴乱，海伦通过卫星等一系列高科技发现了他们的行踪派人通缉他们，杜威派了杀手前去阻止，一场腥风血雨，尼基和伯恩在枪林弹雨中不断地狂奔躲逃，不幸的是杀手射杀了尼基，最后一刻尼基为了保护伯恩死去，临死之前将优盘扔给了伯恩，伯恩带着优盘找到了之前一起行动的组员，那个人利用了尼基盗取了优盘然后死掉，他只想要优盘然后曝光，伯恩发现了自己的身世，但是他不想和那个人做这些事，他还是爱国的，他只是想知道自己的身世，不想背叛国家。这时海伦有跟踪到了伯恩，潜进了他的手机，和他对话告诉他中情局派人马上到了，于是伯恩离开。杜威后来发现伯恩总是早一步离开，然后察觉出是中情局的人干的，他也要杀掉海伦，海伦阻碍了他行事。
伯恩去找和他父亲做事的同事想知道真相，没等到得到答案，杀手赶到，于是为了躲避杀手双双跳楼，同事死去，他又开始逃离，遇到了海伦，海伦和他联手希望干掉杜威，虽然目的不一样，他们决定去维加斯见面，维加斯有一场见面会，是杜威和总裁的活动，杜威决定在见面会杀掉总裁和海伦，杀手已就位，伯恩也有准备，没想到杀手准备的时候暴露了，伯恩到了杜威的酒店房间想知道答案，这时候工作人员赶到，伯恩受伤，杜威要杀了他，海伦赶到，将杜威杀死，于是离开。伯恩去找杀手报杀父之仇。
本来事情可以终结，海伦还有一个上司，他们和杜威是两个对立面，这次除掉杜威，海伦希望可以有利用的价值，她想借助伯恩坐稳位置，没想到她和上司的对话被伯恩知道，这一切都是泡沫了。伯恩老了，不想再参与其中。
“嘀嘀”，汽车停在了我的面前。车门一开，乘客纷拥着上了车。爸爸哪去了呢?我急得直跺脚，怎么一转眼就不见了踪影，这么多东西该叫我怎么办?“嘀嘀”，汽车可不留情，“呼”地一下开走了。
唉，我垂头丧气地坐在行李包上。
“英儿，爸来了，你看，这是甚?”爸爸也不知从哪里钻了出来，提着一小塑料袋炒熟的葵花子(这是我最爱吃的)，古铜色的脸上带着得意的笑容，汗水淋淋地站在我面前。
我生气地冲着爸爸说:“吃甚葵花子，人家汽车早开了!”
“开了?7点20的车，咋早开10分钟?”爸爸有点难为情、抓耳挠腮了一阵，突然拍了一下大腿，“英儿，咱回家套马车去，我就不信不如它汽车舒服，坐汽车把我的英儿挤坏，就赔了本了。走，回去!”说完，扛起几个包，拽着我就走。
你看，我就有这样一个爸爸，叫你哭不得笑不成，拿他真没办法。
就拿两个月前来说吧，那时，可是我学习最紧张的阶段我整天抱着书本啃呀啃呀，有时竟不知不觉地睡着了。爸爸妈妈那时也很忙，因为麦子熟了，家里没有劳力，最大的孩子就是我，还有两个上学的弟弟。爸爸妈妈起早贪黑地割麦子，回家后仍要为我这个就要考高中的“大学生”服务，累得脸都瘦下了一圈。
可是，有一天，爸爸竟一反常态，硬要拉上我去割麦子，妈妈怎么劝也劝不住。我呢，也觉得还是去为好。本来嘛，自己就应该多替父母分担些活儿。
可到了地头上，爸爸却魔术似的变出了我的书本，还挺神秘地对我说:“我怕你累坏了。听别人说，劳动一会儿，再学习一会儿，比死学强得多。”
我还能说些什么呢?
我尽力割了一会儿麦子，又拿起了书本……
太阳升得很高，把暖洋洋的光洒了下来。
我们的马车上了路，铃档“叮铃叮铃”地响着，马儿也“嗒嗒嗒嗒”地走着。望着爸爸那坚实的背影，我的心也随着车轮“咕噜咕噜”地翻腾着……
接到录取通知书的那一天，我高兴得跳了起来，赶快把这消息告诉了正在饮马的爸爸。
爸爸眯着眼把盖在通知书上的红印印看了好大一会儿，拍着我的肩膀说:“英儿，好样的，我早知道你会考上的。”说着，又拍了拍马头，“老伙计，你说是不是呀?”随后把通知书小心地折好，交给我，对屋内的妈妈喊，“烙块油饼，炒盘鸡蛋，给咱英儿庆贺庆贺!”……
“叭！”爸爸又抽了个响鞭，扭过头来对我说:“英儿，闷着干甚?给爸爸唱个歌听听。”
“不，爸爸，你唱，我听。”我故意这样说。
爸爸笑眯眯地望着我:“英儿爱听我唱，我就唱。”说着，他清了清嗓子，唱开了:“人家的闺女汽车带，我的闺女也不赖，赶上我的小马车，送我的闺女上学来。哎咳哟，送我的闺女上——学——来。英儿，咋样?”
我“扑哧”一声笑了:“爸爸，真会篡改，把人家《白毛女》的词也给改了。”
“哈哈!”爸爸笑了，“我知道我的英儿会说好的。”说着，“叭”地又抽了一个响鞭。
马儿走得很快，三四十里路，眨眼甩到了身后。啊，我们来到了新学校。
晚霞染红了天际，久久徘徊在西山头的太阳就要落下，爸爸也要赶着马车回家了。临行前，爸爸对我说:“英儿，长这么大，也懂事了，知道该咋样做，遇到难事多问问老师、同学。”
“我知道，爸爸。”
我虽然暂时和爸爸分开，但父女之情却更深了。这纯朴的父爱就像一束温暖的光，照遍我的全身，顿时化作一股催人奋进的力量。抬眼望时，爸爸赶着马车已经走远，一会)L，便消失在一片霞光之中……