从前，有一个叫尼尔斯的14岁男孩和父母生活在瑞典南部，父母是辛苦的农民，而他却调皮捣蛋爱搞恶作剧，总爱捉弄小动物，也不爱学习。
一个星期天的早晨，他的父母要去教堂，叫男孩自己在家念布道已书。他表面上答应，实际却在家里睡觉，醒来后却碰见了“小土地神”。他把小土地神抓了起来，放过了之后再抓的行为举动，让小土地神生气了，于是用魔法把他变成了拇指大的小人儿。他这才惊恐万分，打算找小土地神求情。
但他不知道小土地神住哪，便想去问问生活在这的小动物们。由于他先前对它们态度极不友好，没有动物愿意帮助他。
他失望极了，来到养鹅的地方。为了不让家里一只公鹅和大雁一起飞走，他奋不顾身地跑了过去，抱住公鹅的脖子。恰巧，公鹅飞上了天空，他也被大鹅带上了天空。
一开始，大雁并不觉得家禽可以和他们一起展翅高空，所以不情愿和它们一起。后来，它们对他说，只要可以跟上来，就可以一起走，不然就直接掉头回家。当得知尼尔斯是人类时，他们要把尼尔斯赶走。
狐狸斯密尔在晚上把一只大雁叼走了，尼尔斯看见了，想都不想就跑去救它。但成功救下了大雁后，自己却和大雁们失去了联络。
后来，当大雁们和尼尔斯再会时，因为救了大雁，尼尔斯得到了大雁头领阿卡的信任，答应带他和莫顿一起去拉普兰。
在维姆布湖附近的农庄里，尼尔斯把松鼠宝宝从农庄主人那里救了回来，把它带以了松鼠妈妈那里。这也感动了农庄主人，于是把它们放回了大自然。这也让尼尔斯在动物界出名了，都称他“大拇指”。
一路上，尼尔斯救了很多动物，帮助黑老师对抗入侵的灰老鼠，救治受伤的小灰雁邓芬，帮助山羊惩罚贪婪的狐狸，解救绿头鸭重获自由。锯掉钢丝救出了关进笼子里的小雕高尔果，得知阿卡是高尔果的养母后，又帮他们和好如初。
雁群在拉普兰度过了夏季后，要飞回南方了。尼尔斯回家后，阿卡想送他一袋金币答谢尼尔斯的真诚相待，可尼尔斯拒绝了！
尼尔斯悄悄回到家，发现父母要杀掉莫顿和邓芬。他立即阻止父母杀掉自己的朋友。就在他下定决心那一刻，他变回了人，一家人最后终于团聚了。
从前有个男孩叫尼尔斯，他非常淘气，时常会搞家里的动物，使得家畜鸡飞狗跳，不得安宁。
有一天，男孩变成了像拇指般的小人。他开始时有点不相信，以为是场梦，但一照镜子，任何东西都一模一样。男孩这才发现自己变得很小是真实的残酷的事实。
男孩发现站在原地等待无济于事。他想到了的做法就是与小狐仙讲和。他想起母亲讲过小狐仙在牛棚里。于是他便从半开着的门跑了出去。
跑出去不久，一只麻雀发现了变小的男孩，大叫了起来。院子的鹅与鸡立即盯着小男孩，他们看见尼尔斯变成这般样子，幸灾乐祸，嘲笑尼尔斯活该，这是遭报应的。男孩惊奇地发现他可以听懂禽兽说话，男孩被一群鸡激怒。他恼羞成怒骂鸡是乌合之众，还想朝鸡们扔石头。可他早已不是以前的样子，鸡群们根本不怕他，继续嘲讽男孩并要啄他。
男孩想摆脱鸡群，迅速逃走，但鸡群依然紧追不舍，都快把男孩逼上绝路了。这时，猫的出现帮助男孩解了围。男孩亲切地称呼猫咪想请求把小狐仙的下落告诉他。男孩似乎忘了之前怎样对待猫的。猫并没有立即刻回答，而且它也根本不打算告诉他小狐仙的下落。男孩怒了，向猫扑去。原本温柔的猫摇身一变，变得异常凶猛，让人害怕。男孩并不示弱，反而逼近了一步。猫一跃而起，把男孩摔倒在地，对他张开了嘴。男孩感到生命受到了威胁，大喊救命。还好，猫并没有要了男孩的命，它只是想让男孩看看谁更厉害。
无奈，男孩溜进牛棚继续寻找小狐仙。他一进去就激起了牛的吼叫。三头牛见到男孩很是愤怒，他们要进行报复。一头名叫五月玫瑰的牛还控诉男孩对他自己母亲犯下的错误。男孩很后悔，但又怕三头牛对他不利，打算趁早溜掉。院子里再也没有人愿意帮助男孩找小狐仙，他有家也不能回了。
这天天气很好，但什么都不能吸引男孩。他发现，天空中飞行的大雁，大雁飞得很高，要飞向高山。大雁们要鹅跟他们一起飞向高山。但家鹅们都不愿跟大雁飞走。后来，有一只年轻的雄鹅真的动心，打算与大雁们一起飞走。那只雄鹅没飞行的习惯，开始尝试飞行。男孩听到鹅与大雁的对话，知道雄鹅要飞走，他怕雄鹅飞走父母会伤心。于是便抱住了雄鹅的脖子，要阻止雄鹅飞走。
雄鹅恰好在这时学会了怎样腾空而起，就这样，雄鹅带着男孩飞向了天空。