从前有个男孩叫尼尔斯，他非常淘气，时常会搞家里的动物，使得家畜鸡飞狗跳，不得安宁。
有一天，男孩变成了像拇指般的小人。他开始时有点不相信，以为是场梦，但一照镜子，任何东西都一模一样。男孩这才发现自己变得很小是真实的残酷的事实。
男孩发现站在原地等待无济于事。他想到了的做法就是与小狐仙讲和。他想起母亲讲过小狐仙在牛棚里。于是他便从半开着的门跑了出去。
跑出去不久，一只麻雀发现了变小的男孩，大叫了起来。院子的鹅与鸡立即盯着小男孩，他们看见尼尔斯变成这般样子，幸灾乐祸，嘲笑尼尔斯活该，这是遭报应的。男孩惊奇地发现他可以听懂禽兽说话，男孩被一群鸡激怒。他恼羞成怒骂鸡是乌合之众，还想朝鸡们扔石头。可他早已不是以前的样子，鸡群们根本不怕他，继续嘲讽男孩并要啄他。
男孩想摆脱鸡群，迅速逃走，但鸡群依然紧追不舍，都快把男孩逼上绝路了。这时，猫的出现帮助男孩解了围。男孩亲切地称呼猫咪想请求把小狐仙的下落告诉他。男孩似乎忘了之前怎样对待猫的。猫并没有立即刻回答，而且它也根本不打算告诉他小狐仙的下落。男孩怒了，向猫扑去。原本温柔的猫摇身一变，变得异常凶猛，让人害怕。男孩并不示弱，反而逼近了一步。猫一跃而起，把男孩摔倒在地，对他张开了嘴。男孩感到生命受到了威胁，大喊救命。还好，猫并没有要了男孩的命，它只是想让男孩看看谁更厉害。
无奈，男孩溜进牛棚继续寻找小狐仙。他一进去就激起了牛的吼叫。三头牛见到男孩很是愤怒，他们要进行报复。一头名叫五月玫瑰的牛还控诉男孩对他自己母亲犯下的错误。男孩很后悔，但又怕三头牛对他不利，打算趁早溜掉。院子里再也没有人愿意帮助男孩找小狐仙，他有家也不能回了。
这天天气很好，但什么都不能吸引男孩。他发现，天空中飞行的大雁，大雁飞得很高，要飞向高山。大雁们要鹅跟他们一起飞向高山。但家鹅们都不愿跟大雁飞走。后来，有一只年轻的雄鹅真的动心，打算与大雁们一起飞走。那只雄鹅没飞行的习惯，开始尝试飞行。男孩听到鹅与大雁的对话，知道雄鹅要飞走，他怕雄鹅飞走父母会伤心。于是便抱住了雄鹅的脖子，要阻止雄鹅飞走。
雄鹅恰好在这时学会了怎样腾空而起，就这样，雄鹅带着男孩飞向了天空。
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