从前有一个十四岁的男孩，名叫尼尔斯。他不爱读书学习，特别顽皮捣蛋，经常捉弄家里的牲口。父母为这个小淘气真是操碎了心。
有一次，尼尔斯想趁爸爸妈妈不在家时去玩鸟枪，可爸爸妈妈回来要检查他看的训言，没办法，不喜欢学习的尼尔斯只能去看书。但没看一会书尼尔斯就睡着了。不知睡了多久，尼尔斯突然被一阵响声惊醒。他发现妈妈的大衣箱盖子敞开着。箱子是妈妈的宝贝，除了她自己外任何人都不许打开。妈妈不在家，而箱子又是打开着，尼尔斯心里一阵害怕，以为是家里进了小偷。不料，他看到了一个小人坐在箱子的边缘欣赏着妈妈的衣服。
那个小人儿穿的非常整洁讲究，黑色的长外套，齐膝的短裤，帽檐很宽的黑色硬顶帽，上衣的领口和袖口上都缀着白色纱花边，鞋上的鞋带和吊袜打成蝴蝶结。他那又老又皱的脸上居然没有胡子！
尼尔斯曾经听老人说过小精灵，他想这个小人应该就是小精灵，只是没想到他竟会是这么小，还没有一个巴掌大。于是尼尔斯就想着对精灵进行恶作剧，结果，尼尔斯就受到了精灵的惩罚，他被变成了一个小拇指一样大的小人。
这可怎么办啊？他记起曾经妈妈讲过，那些小精灵常常是住在牛棚里的，他得马上找到他们向他们求情，让他们把自己变回原来的样子。
当他进到院子时，树上的一群麻雀就高声喊起来：“叽叽叽快来看哦，尼尔斯变成小人儿了！快来看哦，尼尔斯变成小人儿了！”被他欺负过的牲口也都纷纷跑了过来，盯着尼尔斯。霎时间家禽们乱哄哄的闹成一片。尼尔斯想摆脱他们的纠缠，可是母鸡已经叫喊着追上来了，好在家里养的那只猫走了过来。那些母鸡，一见到猫儿顿时散开，装作专心致志的在地上捉虫子吃。
尼尔斯恳求猫咪告诉他精灵在哪里，可是因为尼尔斯经常欺负猫咪，猫咪不愿意告诉他。尼尔斯忘记了自己现在是弱小的，他捡起石头就朝猫咪砸了过去，霎时间猫咪摇身一变，把尼尔斯扑倒在地，用前爪按住尼尔斯，猫的爪子穿过他的背心和衬衣，刺进了他的皮肤。他拼命喊救命，可是周围却没有任何一个人。正当尼尔斯认为自己要死的时候，猫咪收手了。猫咪并不是要杀他，它也只是让他知道现在究竟是谁厉害。
尼尔斯十分羞愧的溜到了牛棚里去找小狐仙了。牛棚里的三头牛也经常被尼尔斯欺负，他们见到尼尔斯就恨不得把它给吃了。
尼尔斯后悔的坐在石墙上。这时候，大雁正在天空上飞行，他们只要一看到雄鹅就低飞大声的喊：“跟我们来吧，跟我们来吧。”一只雄鹅动了心想和大雁一起飞走。尼尔斯不想让这只雄鹅飞走，便跳到雄鹅的身上去，结果自己被带到天上去了。
之后他们经历了许多的事情，尼尔斯也从中改变了许多，从一个顽皮调蛋的孩子变成了一个乐于助人懂事的孩子。
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